بات المعهد العالي للدراسات والبحوث الإسلامية اقطاعية ثابتة لحزب الفضيلة، أحد الأحزاب الداعمة لرئيس الجمهورية محمد ولد عبد العزيز.
فقد عاقب علي قيادة المعهد منذ قرار الحزب دعم الرئيس ثلاثة مسؤولين من الحزب، الذي شارك في أول حكومة داعمة للانقلاب العسكري، قبل أن يقال رئيسه من التشكلة الوزارية بعد نزاع مع الأئمة علي بعض المخصصات السنوية..
ويحتكر الحزب الحاكم وشريكه الدائم الاتحاد من أجل الديمقراطية والوحدة مقاعد الحكومة، بينما تقسم بعض الإدارات الهامشية علي أحزاب الأغلبية ذات الحجم الصغير.